根据《规划》，教育部将围绕高校科技体制机制改革和人才培养模式创新，重点组织部署基础研究特区建设、大团队协同创新、区域创新模式、国际合作联合基地、高校与科研院所合作五类改革试点：组织部署若干冲击世界一流、一批达到国内一流世界知名水平的基础研究基地建设，组织一批大团队依托国家工程技术研究中心和高校优势学科协同创新试点，支持引导高校与企业共建产学研合作创新平台，推动一批高校科技创新平台成为高水平的国际化平台，支持高校和科研院所探索互聘导师、联合培养研究生、联合承担国家项目的经验和模式，形成高水平的科研平台和人才培养基地。
《规划》还要求，部署实施“高等学校创新能力提升计划”，推动高校在解决国家急需的战略性问题、科学技术尖端领域的前瞻性问题、涉及国计民生的重大公益性问题以及区域经济社会发展的关键性问题的过程中，形成世界一流的创新能力和学术水平。
《规划》明确，“十二五”高校科技发展的总体目标是：科技综合实力、原始创新能力显著提升，科技国际竞争力和学术影响力显著增强，高校创新体系基本建成，为教育强国、人才强国和科技强国建设奠定坚实基础。
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