重大项目面向国家经济、社会可持续发展和科技发展的重大需求，采取统一规划、分批立项的方式，根据国家自然科学基金优先发展领域，在深入研讨和广泛征求科学家意见的基础上提出重大项目立项领域。侧重支持在科学基金长期资助基础上产生的“生长点”，期望通过较高强度的支持，在解决关键科学问题方面取得较大突破。
该重大项目申请人应当具有承担基础研究课题的经历，具有高级专业技术职务（职称）。正在博士后工作站内从事研究、正在攻读研究生学位以及《国家自然科学基金条例》第十条第二款所列的科学技术人员不得作为申请人（即项目主持人和课题负责人）进行申请。
本批重大项目限项总数合计限为3项，已经达到3项的，不得申请或参与申请本批重大项目。处于评审阶段（基金委作出资助与否决定之前）的申请，计入以上3项数量限制范围。申请人（不含参与者）同年只能申请1项重大项目。
“十二五”期间重大项目只受理整体申请，申请者要分别撰写项目申请书和课题申请书，不受理针对某个项目指南的部分研究内容或一个课题的申请。
每个项目课题设置不超过5个，每个课题一般由1个单位承担，最多不超过2个，项目承担单位数合计不超过5个（部分重大项目的课题设置和承担单位数有具体要求，以相关重大项目指南为准）；项目主持人必须是其中1个课题的负责人。
本次公布的22个重大项目申请报送日期为2012年7月9日至13日。申请书由国家自然科学基金委员会集中接收组负责接收。
本批重大项目采用在线撰写申请书方式，申请人需向依托单位索取用户名和密码，登录ISIS系统，申请书的资助类别选择“重大项目”，亚类说明选择“项目申请书”或“课题申请书”，附注说明选择相关的重大项目名称。以上选择不准确或未选择的申请不予受理。（柯伟）
《中国科学报》 (2012-06-20 A3 基金)
