“万人计划”作为培养支持高层次人才的“国字号”重大人才工程，实施关键在于选准选好支持对象。计划出台以来，有关部门借鉴相关评审的成功经验，研究细化实施办法，建立科学遴选机制，保障计划顺利实施。中央人才工作协调小组办公室负责人表示，计划在人选方面力求好中选优，制度方面力求公平公正，操作方面力求简明高效。
在组织机制上，“万人计划”由中央人才工作协调小组统一领导。由中组部、中宣部、教育部、科技部、人力资源社会保障部、工业和信息化部、财政部、国资委、中科院、社科院、工程院11个部门组成领导小组共同实施。中宣部、教育部、科技部、人力资源社会保障部设立平台，分别负责各子项具体实施。杰出人才、科技创新领军人才、科技创业领军人才平台设在科技部，哲学社会科学领军人才平台设在中宣部，教学名师平台设在教育部，百千万工程领军人才平台设在人社部。青年拔尖人才平台由4个部门共同负责。中组部重点负责规则制定、协调服务和过程监督，不具体承担申报评审工作。
在遴选程序上，“万人计划”实行平台专业评审、咨询顾问组把关相结合的遴选办法。各平台部门作为相关子项的申报和评审实施主体，按照同行评审原则组织专家开展通讯评审、会议评审、面试等，确定建议人选。专项办会同各平台部门共同组建综合性专家咨询顾问组，评估各平台申报评审工作情况，对建议人选进行综合把关，确定入选名单。
在遴选标准上，“万人计划”注重考察入选者的能力、实绩和品行。能力考察包括创新能力、科研水平和发展潜力；实绩考察不仅看已经取得的成就，还注重对科技进步和经济社会发展的影响力；品行考察方面，学术道德、科技精神和人文素养将被作为重要考察内容。
在评价方式上，为确保入选者业内公认、同行信服，遴选工作按照同行评议原则进行，最大限度实现评审专家对申报人专业领域全覆盖，确保能把各领域最优秀人才选出来。评审过程坚持专业化，由专家主导，平台部门和专项办进行背景说明、政策解读，不参与讨论、不发表意见。
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