为了适应国家和社会对高层次创新人才培养的时代要求，充分发挥中国科学院的综合优势，创造更有利 于研究生健康成长和全面发展的环境，2000年6月，中国科学院在上海召开教育工作会议，提出了对中国科学院研究生教育体制进行重大改革的思路，全院上下 形成了创办新研究生院的共识。

2000年9月，中国科学院向国务院提出，将当时 全院109个研究所的研究生教育，进行体制机制改革和资源整合，并在中国科技大学研究生院（北京）的基础上，更名组建中国科学院研究生院。2000年12 月，经国务院学位委员会、教育部批准，“中国科学院研究生院”正式组建成立。

2000年6月12日，中国科学院教育工作会议在上海召开。会议明确提出将重新组建中国科学院研究生院，并对其性质、任务、定位、体制、组织结构和“三统一”的办学原则等做了明确的阐述

2000年9月26日，李岚清对中科院《关于中国科技大学研究生院（北京）更名为中国科学院研究生院的报告》，做出了决定性的重要支持，奠定了中国科学院大学近年来跨越式发展的坚实基础

2000年12月，国务院学位委员会、教育部批复，同意中国科技大学研究生院（北京），更名为中国科学院研究生院

更名组建后，中国科学院研究生院成为单独设置的学位授予单位。中国科学院五个学部和各研究所的学位授予权及所有博士、硕士学位授权点，全部归入中国科学院研究生院。从2001年9月起，正式由中国科学院研究生院统一授予学位

2001年5月22日，新研究生院在北京玉泉路校区隆重举行揭牌仪式，标志着研究生院的建设与发展从此进入一个新的历史时期。图为时任中国科学院院长路甬祥在揭牌仪式上讲话

根据中国科学院文件，更名组建的中国科学院研究生院实行“三统一、四结合”的办学方针，即“统一招生、统一教育管理、统一学位授予”的职能和“院所结合的领导体制、师资队伍、管理制度、培养体系”的组织形式

研究生院更名前的中国科学院研究生招生工作会

更名组建的中国科学院研究生院实现了高水平科研创新与高层次人才培养的紧密结合、相互促进，符合高质量创新创业人才培养的内在规律

2008年5月10日，中国科学院 研究生院迎来建院三十周年

2008年5月10日，中国科学院研究生院建院三十周年之际，一批为学校发展做出重大贡献的教师受到表彰