近日，预印本服务器相继发表多篇论文，讨论了旅行限制和旅客筛查等措施的影响。

研究人员估计，即使在最理想的情况下，旅客筛查也会漏掉大约一半的感染旅客。

风险评估还确定了中国多个城市可能存在未发现的感染病例。

此外，研究人员还提出4种可能的候选药物(一种基于ACE2的肽、remdesivir、3CLpro-1和一种新型的乙烯基砜蛋白酶抑制剂)，可用于治疗2019-nCoV患者。

MedRxiv

旅行者筛查对预防新型冠状病毒国际传播的有效性评估

目前，旅行者筛查被用于限制新型冠状病毒的进一步全球传播。在此，美国芝加哥大学和加州大学洛杉矶分校等机构研究人员，在考虑了主要nCoV生活史和流行病学参数值尚不确定的前提下，分析了不同旅行筛查项目的预期影响。

即便假设条件较好，研究人员估计筛查也会漏掉大约一半的受感染旅客。

即使在最理想的情况下，20个亚临床病例中只有一个感染，且所有旅客都通过了出发和到达的筛查，检测到的受感染旅客的中位数也只有0.31（区间是0.17~0.48）。考虑到在旅行中出现症状的可能性，到达时的筛查优于离开时的筛查。

而且亚临床病例比例较高，筛查程序的总体有效性会进一步降低，在最糟糕的情况下，通过离境筛查发现的受感染旅客的中位数仅为1/5。

通过分析导致筛查成功和失败的因素，研究人员发现，大多数被筛查遗漏的病例从根本上是无法检测到的，因为大多数旅行者是最近感染的，因此还没有发展到有症状的阶段，而且很少人知道他们的暴露风险。

这些发现强调了有必要采取措施，追踪那些被遗漏的旅行者。研究人员开发了交互使用模型（https://faculty.eeb.ucla.edu/lloydsmith/screeningmodel），以便公众使用最新的信息。他们希望这些发现有助于制定以证据为基础的政策，以遏制冠状病毒的传播，并为未来减轻新出现病原体的前瞻性规划作出贡献。

作者：Katelyn Gostic、Ana C. R. Gomez、Riley O. Mummah、Adam J. Kucharski、James O. Lloyd-Smith

相关论文信息： https://doi.org/10.1101/2020.01.28.20019224

武汉检疫前新型冠状病毒的输入风险

1月23日，中国对武汉及周边城市实施了旅行隔离，以遏制新型冠状病毒的地理扩张。

在这里，美国得州大学奥斯汀分校等机构研究人员，使用地面、铁路和航空旅行数据，估计了新型冠状病毒病例在隔离前3周从武汉输入到中国370个城市的概率。

根据估计的R0为2.56 （区间2.09~2.78），研究人员发现在约131个城市，包括6个人口超过200万且1月27日没有报告病例的城市，实施检疫前引入的概率超过50%。

研究人员认为，这一风险评估确定了中国多个城市可能存在未发现的感染病例，并认为在2020年初，地面和铁路旅行的种子病例远远超出武汉地区检疫范围。

（a）每日往来武汉的交通量，黑影表示春运的开始。

（b）到2020年1月22日，武汉至少有一例感染病例传播至全国各城市的概率。风险阈值高于50%的131个城市和低于50%的239个城市分别用橙色和蓝色表示。

作者：Zhanwei Du、Ling Wang、Simon Cauchemez、Xiaoke Xu、Xianwen Wang、Benjamin J Cowling、Lauren Ancel Meyers

相关论文信息：https://doi.org/10.1101/2020.01.28.20019299

ChemRxiv

吸取过去的教训：2019-nCoV引起的严重急性呼吸道感染的可能紧急预防和治疗选择

鉴于2019-nCoV疫情发展轨迹目前未知，将需要公共卫生和药物措施来遏制病毒的传播并优化患者的治疗结果。

虽然，人们对这种病毒的了解甚少，但对其基因组序列研究显示，它与SARS-CoV具有很强的同源性。而科学家对后者已经有了较深入研究。

美国得州农工大学研究人员发现，用于宿主细胞感染的突刺蛋白显示出关键的非同义突变，这可能会妨碍先前开发的治疗方法的有效性，但它仍然是生物制剂和大环肽开发的可行目标。

冠状病毒进入并在宿主细胞内复制的生命周期。

此外，包括RdRp和3CLpro在内的其他关键药物靶标与SARS-CoV具有高同源性(>95%)。因此，研究人员提出4种可能的候选药物(一种基于ACE2的肽、remdesivir、3CLpro-1和一种新型的乙烯基砜蛋白酶抑制剂)，可用于治疗2019-nCoV患者。

研究人员在文中提到，由于remdesivir是一种正在进行临床试验的药物，中国政府可能会与吉利德公司就该药用于2019-nCoV患者的可能性进行谈判。

研究人员希望通过总结相关药物研发经经历，能帮助开发广谱抗冠状病毒药物，以应对未来的流行病。

作者：Jared S. Morse、Tyler Lalonde、Shiqing Xu、Wenshe Liu

BioRxiv

新型人冠状病毒2019-nCoV的跨物种进化及疫苗研发免疫决定因素的研究

2019年12月，中国武汉市爆发新型冠状病毒（nCoV），目前已蔓延至全球多个国家，各国均加大了防控力度。

这种人类病原体是β-冠状病毒的一员，携带3万碱基的单链阳性RNA基因组。

了解这种新型病毒的进化、人畜共患传播和来源，将有助于加速遏制和预防工作。

2020年1月30日，美国加利福尼亚大学研究团队详细分析了2019-nCoV的基因组进化和疫苗开发的潜在候选肽类。

这种nCoV基因型可能是通过积累非同义突变、indels和重组事件从蝙蝠冠状病毒进化而来的。S蛋白和M蛋白发生了广泛的突变，而E蛋白和N蛋白则非常保守，在进化过程中对2019-nCoV施加了不同的选择压力。

有趣的是，2019-nCoV 的S蛋白含有39个核苷酸序列插入，这与印度洋-太平洋常见的一种鱼类的基因组序列同源。

此外，研究组在S、E、M和N蛋白中确定了8个高结合亲和力（HBA）的CD4 T细胞表位，该表位通常在亚太地区人群HLA-DR等位基因上识别。

这些免疫显性表位可被纳入通用亚单位CoV疫苗中。

不同的HLA类型和表位结合亲和力的变化可能有助于确定人类循环病毒的广泛免疫病理结果。

该发现强调了在活体动物市场上持续监测CoV菌株的必要性，以更好地了解病毒对人类宿主的适应，并制定切实可行的解决方案，防止新的致病性CoV菌株出现。

作者：

Arunachalam Ramaiah, Vaithilingaraja Arumugaswami

论文链接：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.29.925867v1

从基因组测序数据中解释性检测新的人类病毒

病毒的进化速度非常快，因此需要可靠的病毒宿主预测方法来保障生物安全。

新型人类感染病毒很难用标准的生物信息学工作流程来检测。

2020年1月30日，德国罗伯特·科赫研究所对病毒是否能通过下一代测序结果直接感染人类进行了预测。

研究组证明深神经结构明显优于浅层机器学习和标准的、基于同源性的算法，将错误率降低一半，并将其归纳到与试验中出现情况相差甚远的分类单元。

研究组提出了一种新的卷积滤波器可视化方法，将每个核苷酸的信息内容与其对最终分类决策的贡献分离开来。

病原体基因组和感染表型之间的已知关联的核苷酸解析图可用于检测新制剂中的毒力相关基因，正如2019-nCoV冠状病毒，其在2019年12月导致肺炎爆发之前一直处于未知状态。

作者：

Jakub M. Bartoszewicz, Anja Seidel, Bernhard Y Renard

论文链接：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.29.925354v1

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