作者:杜珊妮 来源:中国科学报 发布时间:2024/12/26 13:47:08
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“愚蠢而自负”:病毒新官方名称引发研究人员不满

 

你或许从未听说过Betacoronavirus pandemicum这个名字,但你很有可能在过去5年内的某个时刻感染过它。它是导致COVID-19的病毒,其更广为人知的名称是SARS-CoV-2,即“严重急性呼吸综合征相关冠状病毒2”。

SARS-CoV-2 是数千种具有新物种名称的病毒之一,这是对病毒命名系统进行重大改革的一部分,而这一改革让一些科学家感到难以置信。

负责管理病毒序列和其他数据存储库的美国国家生物技术信息中心 (NCBI) 于周三宣布,将在2025年春天为其数据库新增约3000个拉丁化名称。这一举措采用了国际病毒分类委员会(ICTV)近年来提出的命名系统,尽管之前并未引起太多关注。

ICTV由病毒学家组成,隶属于非营利组织国际微生物学会联合会(IUMS)。2016年,ICTV启动了相关讨论,最终决定采用所谓的“林奈分类系统”,即双名法——两部分拉丁名称包含一个生物的属和种。2020年,ICTV批准了这一变更,随后由专门的工作组花费3年时间创造新名称。

ICTV表示,此举是为消除目前各种各样的不一致的病毒命名。NCBI的采纳将使这些变化变为主流,但一些科学家仍质疑修改的必要性,甚至表示他们将无视这些新术语。

“这些冗长的拉丁名称与我们当前使用的名称完全不相关,它们似乎只是分散注意力的东西,除了对发明这些名称的分类学家有意义之外,对其他人毫无用处。”美国埃默里大学的医生科学家Boghuma Titanji说。Titanji表示,读到这些新名称让她“很想笑”,但“将HIV称为Lentivirus humimdef1,并不是我近期会做的事情——现在不会,将来也不会。”

尽管科学家已经按照科和属对病毒进行了分类,就像他们对所有其他生物所做的那样,但在物种层面,一致性被打破。病毒种类通常以疾病命名,例如SARS-CoV-2;或以感染的生物体命名,例如东部马脑炎病毒;或者以首次发现地命名,例如寨卡病毒,以乌干达的一片森林命名,但这种做法可能会招致污名化。

ICTV主席、巴西维科萨联邦大学植物病毒学家Murilo Zerbini表示,当已知病毒的数量仅为数百或数千时,该系统是可行的。但是,现在基因组学技术已经能够在单一研究中识别出成千上万种新病毒,因此他认为,迫切需要一个标准化的系统以帮助科学家之间进行沟通。“我们真心希望它能让科学家的工作变得更轻松。”Zerbini说。

然而,并非所有人都这么认为。在美国耶鲁大学公共卫生学院的流行病学家Nathan Grubaugh看来,这些名称“愚蠢而自负”,他强调 Betacoronavirus epidemicum 就是一个典型例子;还有 Orthoflavivirus nilense,其更广为人知的名字是西尼罗河病毒。“这让我的工作变得更困难,而不是更轻松。”

批评者还声称,其他病毒研究人员的意见不足。Grubaugh质疑道:“这项改变的支持在哪里?哪里有论证说这对科学有帮助?”。其最近参与开发了登革热病毒的分类系统,该病毒的新名称为Orthoflavivirus denguei。

Zerbini对这些批评并不陌生,但他表示ICTV不遗余力的鼓励参与,并会在收集社区反馈的几年内举行商磋、推迟变更。他补充说,没人被要求仅使用新名称,旧名称无疑仍将继续被广泛使用。NCBI保证,在引入新系统后,保留数据库中对旧名称的检索功能。

与此同时,一些科学家对ICTV的努力表示赞赏。美国约翰斯·霍普金斯大学医学院的病毒学家Stuart Ray认为,这一举措似乎是对现有系统的“合理补充”,不太可能扰乱研究工作。“最终,至少其中一些二项式术语可能会得到更广泛的使用。但在短期内,我怀疑它们会被广泛采用,除了在集中化数据库中。”

此外,一些混乱似乎是不可避免的。目前,NCBI的数据库仅包含旧名称,而ICTV的的数据库只能使用新名称进行搜索。现在,研究人员可以从ICTV下载一个Excel表格,同时查看旧物种名和新物种名。Zerbini承认,“我意识到这不是一个理想的解决方案”,但ICTV正在努力改进其搜索功能。

他相信这次改革是值得的,并表示,每一次大的变化,都会有一个过渡期,期间人们会抱怨和抵制。他指出,人类免疫缺陷病毒这个名称在20世纪80年代被引入以取代艾滋病病毒时,甚至遭到了反对。

“我认为,过渡期过后,人们会意识到情况好多了。几年后,他们会回首往事说:‘你们为什么花了这么长时间?’”

 
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