作者:李思辉, 李佳彦 来源:中国科学报 发布时间:2024/3/25 15:54:40
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武大携手华科,揭开“守护女神”神秘面纱

 

Gabija(中文音译“加比娅”),在立陶宛神话中,意为灶火女神,是家庭的守护女神。

在自然界中,以Gabija守护女神命名的一种免疫系统,在原核生物中广泛存在,此前却蒙着一层神秘面纱,人类迟迟未能见其真容。

3月13日,武汉大学王隆飞教授团队与华中科技大学朱斌教授团队联手,以加速预览形式在Nature发表了合作研究论文,通过解析Gabija系统的结构,在分子层面完整揭示了Gabija系统的抗噬菌体工作机制。

“在我们的研究之前,没有人知道它是如何工作的。我们使用冷冻电镜等技术手段,解析了它在不同状态下的结构,终于破解了有关Gabija系统的谜团。”王隆飞告诉《中国科学报》。

武大教授王隆飞(左)与华科教授朱斌(右)在一起。(受访者供图)


“守护女神”的剪刀

Gabija免疫系统是自然界已知丰度排名第三的原核生物免疫系统。它在原核生物中广泛存在——存在于大约15%的细菌和古菌基因组中。

专家介绍,免疫系统一般都很复杂,但是Gabija很简单。它仅由GajA和GajB两个基因组成,却可以高效免疫各类烈性噬菌体的侵染,是自然界最广谱高效且精简的免疫系统之一。

2018年,以色列学者Rotem Sorek等人在Science发表了一篇生物信息学论文,分析发现了上千种潜在原核生物免疫系统,其中就包括以立陶宛神话中的守护女神命名的Gabija系统。但在Rotem Sorek团队的文章中,Gabija元件的酶学功能、抗病毒机制等等,都没有得到揭示。“我们就想知道,它是如何杀死病毒的?”朱斌带领博士后成锐从2018年开始做这方面的研究。

到2021年,GajA的工作机制首次被该团队发现并验证。此后,又经过两年多的努力,到2023年,GajB的工作机制也浮出了水面。

Gabija像“剪刀”一样,切割病毒的DNA,但这把“剪刀”的工作机制与此前发现的其他“剪刀”并不相同。“病毒进入细菌之后,会自动复制自己的基因组并转录RNA(核糖核酸),快速消耗代谢物NTP(核苷三磷酸),GajA感知到NTP的变化后,便开始运用“剪刀”把病毒杀死。而GajA切割下来的DNA末端,可以继续刺激GajB,反过来把NTP水平降低。两者效果互补,形成了正反馈的作用机制。”朱斌告诉《中国科学报》。

发现“新东西”的苦乐

揭开“守护女神”面纱的过程,也是不断迎接挑战、不断攀登的过程。2018年的生物信息学论文中,研究团队通过计算机分析的方法对Gabija系统的功能及工作机制进行了预测。然而,通过研究,团队发现这两个酶的活性是前所未知的,不同于预测结果。“这个研究是全新的,没有人做过,和预测的结果也不同,我们相当于是从零开始。”朱斌说。

2021年朱斌课题组揭示Gabija防御系统的核心酶功能后,Gabija免疫机制受到国际上相关领域科学家的高度关注。在武大与华科联合团队开展更进一步探索的同时,国际上已有四个团队在做类似的研究,并且都开始给Nature投稿。“他们的论文评审进度比我们快!这让我们的工作节奏更紧张了。”朱斌说。这种“紧张”不难理解:一般情况下,同样主题的文章,Nature只会接收一篇,因此竞争非常激烈。

哈佛大学的一个权威团队在2023年4月中旬向Nature投了稿。“我们比他们晚了两个月,是6月中旬投出去的。”王隆飞说,两个团队相当于“背靠背”地进行了投稿工作。

“第一次修改意见是2023年7月收到的,审稿人对我们提出了很高的修改要求。”王隆飞回忆道。审稿人认为,团队提供的DNA被激活的构象分辨率太低,也存在一些数据不完善的情况。然而,Gabija和DNA结合的结构极难被捕捉到,返修时间仅有四个月,他们能否成功?

“虽然冷冻电镜技术非常强大,但更重要的是处理样品的生化技术水平。”王隆飞告诉记者,样品的质量是成败的关键。他进一步解释:“对我们来说,样品就像一个小朋友,它有自己的喜好,就像有人喜欢待在空调房,有人喜欢待在炎热的室外。你得摸清它的喜好,才能让样品保持稳定。”

课题组成员夜以继日地进行不同的尝试,几十次试验失败让他们倍感沮丧。论文第一作者、博士生李静,在返修阶段因为压力太大,生了两次病,但一旦康复,她又即刻返岗,继续攻关。

转眼到了2023年的10月份,越来越接近提交返修结果的最后期限。某一天的晚上,“守护女神”终于向他们伸出了希望之手——那是晚上10点,又一轮实验结果出来了。由于此前的多次失败,王隆飞对那次实验并未抱太大的希望。晚上,做最后那个三维重构的时候,他意外地发现那里边有DNA。

这意味着他们终于搞定了。第二天王隆飞再三计算确认后,才把这个喜讯告诉了团队其他成员,大家都很兴奋。

经历了很多困难和煎熬,武汉进入秋天,他们也迎来了久违的果实。“在Nature系列期刊的这四篇文章里,只有我们做出了含有DNA或ATP的复合物结构。基于这些结构我们提出了Gabija系统的工作机制。”王隆飞告诉《中国科学报》。

“对我来说最快乐的就是看到新东西的那一刻。”朱斌表示,在揭开未知事物真容的激动与喜悦面前,研究过程中的痛苦微不足道。

 从哈佛到武汉的合作

此次武大与华科的合作始于一段长达10多年的友谊。

彼时,他俩都在哈佛大学医学院的生化和药理系做博士后研究。波士顿某个红叶簌簌落下的季节,王隆飞到朱斌工作的实验室借实验材料。交流中,他们逐渐发现大家都是中国学者,而且彼此志同道合、兴趣互补。从此俩人开展了多项合作。

朱斌较早回国。因为妻子是湖北人,他自己又对生物技术感兴趣,所以回国后进入了华科。

多年后,王隆飞也准备回国,具体到哪座城市,他有很多选择。武汉大学给出了积极邀约,双方也达成了初步意向。电话里,朱斌建议老搭档来武汉,这样又可以一起做研究。最终,王隆飞进入武汉大学,也到了武汉。2021年,王隆飞回到武汉的第二天,两人立刻会面,一见面就商量着继续合作,利用双方优势的互补发现新东西。

在好奇心和个性的影响下,朱斌喜欢做冷门研究,挖掘自然界里“稀奇古怪的东西”。独立开展研究以来,他专注于生物化学和酶学研究,发现了很多种新颖奇特的核酸酶功能;而王隆飞则恰恰相反,他的研究领域结构免疫学一直以来都是热门的领域,在国际上有FC碰碰胡老虎机法典-提高赢钱机率的下注技巧关注度。他在研究上擅长揭示复杂生物系统的详细分子机制。从在哈佛时,他们就开始了紧密而默契的合作。此前,他们曾一起发现了海底火山病毒中一种独特的DNA 聚合酶。

在有关Gabija的研究中,朱斌团队需要有人帮助了解并展示Gabija系统的免疫和调控机制。刚刚回到武汉大学任职的王隆飞成了最理想的搭档。

武汉光谷的一处餐厅里,朱斌给刚刚回国的王隆飞接风洗尘。谈到Gabija研究,双方一拍即合。双方约定,在这项研究中,王隆飞团队负责进行复合物结构和调控机制上的细致探索,朱斌团队负责进行生物化学和酶学验证。

2020年诺贝尔化学奖授予了CRISPR的基因编辑研究,这项研究正是由两位科学家合作完成的。两位科学家中Emmanuelle Charpentier是微生物遗传和生化领域的专家,Jennifer Doudna则擅长通过结构手段揭示分子机制。王隆飞和朱斌私下都觉得,他俩的搭配很像那两位大咖,也是一个做前端,一个做后端,通力合作,共同出成果。

“我们的合作还有很大的潜力,相信未来还会带给大家FC碰碰胡老虎机法典-提高赢钱机率的下注技巧惊喜。”王隆飞告诉《中国科学报》。

两所同城名校的互粉

武大、华科是湖北众多大学中最耀眼的两颗“双子星”。两所大学一方面在学科优势上各有侧重,另一方面在很多领域也有比学赶超的意味——教授们有时会暗自“较劲”,想分出个伯仲来。近些年,两校有过许多交流互动,但双方携手发全球顶刊的情况并不多见。

朱斌认为:“科学研究,跨单位合作是很正常的事。一个城市的大学,交流更方便,合作为什么不能更密切一些呢?至少我们的合作是很顺畅的。没有一些人揣测的所谓‘犯忌讳’。少些门户之见,大家一起做研究,多出成果就好了。”

“哈佛和麻省理工都是美国的顶尖大学,他们也经常开展合作,武大、华科当然也可以。”王隆飞表示。他告诉告诉《中国科学报》,起初,他也有点顾虑,担心和“并跑着”合作,会不会遇到阻碍,事实上,并没有遇到谁的反对。

武大不仅没有反对,而且还比较认可。王隆飞举例说,这篇关于Gabija的论文上线后,他和团队草拟了一份简讯上报给学校。在简讯初稿中,他们把作为共同完成单位的华科写在了文章里面,并没有写到标题里。简讯初稿交上去后,武大很快就官宣了,标题改成了:《武大华科携手发Nature,这次有关Gabija!》。“尽管武大是第一完成单位,但主动凸显了华科的贡献。”

有趣的是,就在武大官宣的第二天,华科也在其官微头条推送了相关消息,华科的标题是:《华科大再发Nature!这次联手武大!》。

樱花盛开的季节,两所同城双一流”建设高校,以这种方式互相call。

相关文章链接:https://www.nature.com/articles/s41586-024-07270-x.

 
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