论文标题：From bacterial genomics to clinical epidemiology: an interview with Bill Hanage

期刊： BMC Biology

作者：William P. Hanage

发表时间：2018/11/01

数字识别码：10.1186/s12915-018-0588-2

原文链接：https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-018-0588-2?utm_source=other&utm_medium=other&utm_

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Bill Hanage是哈佛大学公共卫生学院的流行病学副教授，他利用基因组和进化的方法研究基础和应用流行病学。Bill向我们介绍了决定病原体群体的不同选择类型，他希望审稿人能够对论文多进行正面的评价，并就“微生物组研究中的因果关系是否越来越明朗”这一问题给出了自己的见解。

为了庆祝BMC Biology建刊十五周年，我们与BMC Biology的作者和评论家进行了访谈，分享了他们对研究中遇到的成就与挑战的见解，以及对出版创新和同行评议的思考。

以下是与审稿人Bill Hanage的采访内容分享。

Bill Hanage

您目前的研究兴趣是什么？

我主要研究以细菌为主的病原体的进化，尤其是肺炎球菌。在应用方面，我们利用基因组序列进行流行病学研究，从而重建疾病传播树，并能快速检测耐药性。在更基础的层面上，我们正在研究不同的选择类型决定病原体种群的潜能。这真的很令人兴奋，我们最近也取得了一些收获。最后，虽然我曾因无法阐明微生物组研究中的因果关系而郁闷，但现在一切似乎正慢慢变得明朗起来。不管别人怎么看，至少我是很满意的。

您对该领域未来五年的发展有何预测?

对在流行病学领域中使用基因组方法进行研究的人来说，我认为他们未来会逐渐地将工作与临床实践联系起来，但这远没有我们想象的那么简单。例如，如果我们的环境采样做的很好，并且在医院病房中检测到了耐药性细菌，那我们该怎么办?关闭病房吗?可那样做的话，代价就太大了。在非病原体中也能发现抗性基因，其危险性取决于环境，例如病房中是否有免疫缺陷患者。

更普遍地，就细菌基因组学和进化而言，我认为技术的进步将使我们更接近真正的“全基因组测序”，而现在流行的“高质量基因组测序草图”会成为过去。这种新技术会揭示出当前无法组装出的区域中的大量快速积累的变异，并极大地扩充“偶发位点”。这些是基因组中具有足够高的突变发生频率的区域，例如，它们通过链的移动导致移码突变，从而在群体中产生表型变异。由此产生的突变有可能会被选择，从而使得物种能够利用两头下注的策略进行应对，并迅速适应波动的环境。

您为杂志审稿的动力是什么？

我审稿是因为我发表的任何论文都需要一些优秀的人来评议（即使他们讨厌审稿！），所以我试着审一些文章。这样我每投稿一篇就会审一篇，大概相当于我自己的文章需要的审稿人的数量。除此之外，有时候我也愿意审一些能吸引我的有趣的文章。然而，对于大部分的审稿邀请，我都是拒绝的，因为数量实在是太多了。

如果可以的话，你会对现有同行评议系统做出哪些改变？

同行评议存在一些明显的问题，我可以花一整个上午来写有关的解决方案，以及它们的优缺点。期刊需做的一件很简单的事情就是明确地询问评审者的积极看法，而不是列出他们不喜欢的事情，这将有助于引导他们对评审的研究工作有一个全面的看法。

从我对第一个问题的回答也能看出，我的实验室正在通过越来越多地使用预印本的方式来在出版过程早期获得想法和反馈。另外，让我印象深刻的是，我们可以通过Peerage of Science 等方案来让同行评议变得更便捷。

如果作者统一将文章投稿到一个单独的中心机构，然后由期刊对论文进行竞标，那会很有意义。学者们花了大量的时间整理稿件格式或者评审已经被其他期刊审过的论文，而我更想将这些时间花到科学研究上。

作为作者和审稿人，您在同行评议过程中有没有一些让您印象深刻的好的或坏的经历？

我审的第一篇稿件没有对照组，这意味着所有的结果都可能是内毒素污染所造成的。然而那本期刊无论如何都想发表这篇文章，因此我要求退出他们的审稿人名单，之后他们真的就再也没有再询问过我了（坦白说，我不确定他们是不是应我的要求而做出的决定！）。

摘要：

Bill Hanage is an Associate Professor of Epidemiology at Harvard School of Public Health, where he studies fundamental and applied epidemiology using genomic and evolutionary methods. Bill spoke to us about the different types of selection that determine pathogen populations, asking reviewers to highlight positives of papers, and whether we’re closer to a causal framework for studying the microbiome.

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期刊介绍:

BMC Biology (https://bmcbiol.biomedcentral.com/, 5.770 - 2-year Impact Factor, 7.556 - 5-year Impact Factor) is an open access journal publishing outstanding research in all areas of biology, with a publication policy that combines selection for broad interest and importance with a commitment to serving authors well.

来源：科学网