期刊：Genome Biology

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Genome Biology为您准备了本刊近期更新的亮点文章和期刊新闻供您阅览。

期刊新闻

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Microbiome Biology Special Issue

“Microbiome Biology 特刊正式发行”

Genome Medicine 和BMC Biology共同推出的微生物组生物学的特刊已经正式发行了！本特刊的客座编辑为来自美国加州大学圣地亚哥分校的Rob Knight 教授、宾夕法尼亚大学的Elizabeth Grice 博士、德国蒂宾根大学发育生物学的Ruth Ley博士和来自比利时鲁汶大学的Jeroen Raes 博士。本特刊涵盖微生物学各个领域的研究、方法和评论文章。扫描二维码了解FC碰碰胡老虎机法典-提高赢钱机率的下注技巧。

与编辑面对面

Genome Biology 的高级编辑Yixin Yao将于8月3-4日参加国际生物信息学研讨会（International Bioinformatics Workshop, IBW），并于8月15-18日出席在北京举办的表观遗传学和染色质生物学大会（Epigenetic and Chromatin Biology Congress）。

如果您想和她面对面交流，欢迎发邮件至[email protected]预约会谈！

亮点论文

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Invasive DNA elements modify the nuclear architecture of their insertion site by KNOT-linked silencing in Arabidopsis thaliana

拟南芥中KNOT的转基因沉默

DOI:10.1186/s13059-019-1722-3

染色体的三维结构与表观遗传调控和转录活性有关。然而迄今为止，对三维染色质结构的功能特性描述并不多。KNOT是拟南芥中的3D染色质结构，包含10个相互作用的基因组区域，称为KNOT ENGAGED ELEMENTs（KEEs），其富含转座因子和相关的小RNA，暗示了KEEs在转座生物学中的作用。来自苏黎世大学的Grob和Grossniklaus研究揭示了KNOT连锁沉默是不依赖于拟南芥转基因的经典沉默机制的并且是优先于其发挥作用的，这有助于我们进一步加深对染色体折叠作用的理解以及为机体基因组如何抵御入侵DNA带来新的见解。

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Ancient polymorphisms contribute to genome-wide variation by long-term balancing selection and divergent sorting in Boechera stricta

Boechera stricta的长期平衡选择

DOI:10.1186/s13059-019-1729-9

Boechera stricta是拟南芥（Arabidopsis thaliana）的多年生亲缘品系，原生于大部分未受干扰的栖息地，有两个地理和生态上不同的亚种。在来自中国科学院华南植物园植物资源保护与可持续利用重点实验室的Baosheng Wang等人在本篇文章中利用了517个B. stricta种质的全基因组重测序数据分析了该物种遗传多样性和种群分化的详细进化过程。

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A genomic atlas of systemic interindividual epigenetic variation in humans

人类个体间系统性表观遗传变异图谱

DOI:10.1186/s13059-019-1708-1

DNA甲基化被认为是人类表型变异的重要决定因素，但其固有的细胞类型特异性阻碍了这一研究的进展。来自美国农业部的Chathura J. Gunasekara等人探究了来自“NIH基因型-组织表达（GTEX）计划”的10个供体，对其三种胚层谱系来源的（甲状腺-内胚层，心脏-中胚层，和大脑-外胚层）组织的基因组DNA进行了深度全基因组亚硫酸氢盐测序来测量CpG甲基化程度。他们利用新开发的算法确定了9926个系统性个体间变异（CoRSIV）的相关区域。

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评论文章

Collateral damage: benchmarking off-target effects in genome editing

附带损害:在基因组编辑中对偏离目标的效果进行基准测试

Dana Carroll

DOI：10.1186/s13059-019-1725-0

研究亮点

The long walk to African genomics

非洲基因组学的漫漫长路

Serena Tucci and Joshua M. Akey

DOI:10.1186/s13059-019-1740-1

综述文章

Bridging the gap between reference and real transcriptomes

连接参考和真实转录组之间的鸿沟

Antonin Morillon and Daniel Gautheret

DOI:10.1186/s13059-019-1710-7

Curren status and applications of genome-scale metabolic modelst

基因组级代谢模型的研究现状及应用

Changdai Gu et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1730-3

Essential guidelines for computational method benchmarking

计算方法基准测试的基本指南

Lukas M. Weber et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1738-8

研究论文

Multiplexed promoterless gene expression with CRISPReader

利用CRISPReader实现无启动子基因的多重表达

Hengji Zhan et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1712-5

Chromatin accessibility plays a key role in selective targeting of Hox proteins

染色质可及性在Hox蛋白的选择性靶向中起关键作用

Damiano Porcelli et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1721-4

Comprehensive evaluation of structural variation detection algorithms for whole genome sequencing

综合评估全基因组测序的结构变异检测算法

Shunichi Kosugi et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1720-5

Single-cell transcriptomics unveils gene regulatory network plasticity

单细胞转录组学揭示了基因调控网络的可塑性

Giovanni Iacono et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1713-4

A practical guide to methods controlling false discoveries in computational biology

在计算生物学中控制错误发现方法的实用指南

Keegan Korthauer et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1716-1

Codon usage optimization in pluripotent embryonic stem cells

多潜能胚胎干细胞密码子的使用优化

Susanne Bornelöv et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1726-z

Cold stress induces enhanced chromatin accessibility and bivalent histone modifications H3K4me3 and H3K27me3 of active genes in potato

低温胁迫诱导马铃薯活性基因H3K4me3和H3K27me3的染色质可及性增强，并引发其二价组蛋白修饰

Zixian Zeng et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1731-2

Trapping a somatic endogenous retrovirus into a germline piRNA cluster immunizes the germline against further invasion

将体细胞内源性逆转录病毒捕获到种系piRNA簇中以增强该种系的免疫功能防止被入侵

Céline Duc et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1736-x

Performance of neural network basecalling tools for Oxford Nanopore sequencing

基于神经网络的Oxford纳米孔测序工具的性能

Ryan R. Wick et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1727-y

Emphasis on the deep or shallow parts of the tree provides a new characterization of phylogenetic distances

强调进化树的深部或浅部提供了系统发育距离的新特征

Julia Fukuyama

DOI:10.1186/s13059-019-1735-y

（来源：科学网）