8月22日，身在国外的饶毅在自己的博客写下《
今日中国谁最该做院士？》一文，这成为这位北大生命科学学院院长近期发表的第二篇直指中国院士制度的文章。
不管饶毅此文意欲何指，他至少抛出了中国院士制度中的一个现实问题：公平缺失。“水平很高的人落选，水平低的人当选，我们的院士制度导致该结果比例过高”，一位长期研究院士制度的专家在接受《中国新闻周刊》采访时认为，非学术性因素过多，导致了院士制度的诸多现实问题。
中科院自然科学史研究所副所长、研究员王扬宗认为，由于历史基础不好，现在的院士制度会导致一种结果，不但一些能力不高者获选院士，他们反过来会排斥优秀者、海外归国者。“饶毅被排斥，或为典型”。
院士制度肇始
回忆起中国院士制度建立史，王扬宗对1948年第一届中央研究院院士选举印象最为深刻，因为那次选举比较严格地坚持了学术贡献至上和独立原则，从筹备到选举程序都很严格，“是学术界一次自主、公正的选举”。
这次选举主要由成立于1935年6月的中研院评议会主持，在同时当选的41位评议员中，包括了来自高校和学术机构的聘任评议员30人以及由中研院院长和所长组成的11位当然评议员。
评议会成立之初，即引发国际高度关注。当年的《科学》杂志发表社论，称评议员“除极少数非科学家外，余皆为吾国科学界各方代表人物，极一时之选，评议会既告成立，实为该院最高策源机关，斯不仅关系该院前途之发展，亦吾国科学史上值得记载之一件大事”。
中央研究院首届院士选举15个筹委会委员，由评议员以通信投票的方式产生，分数理、生物、人文三组，每组5人，当选者需得到全体评议员半数以上投票。1948年4月，第一届院士产生，此后每届的评议员都须经院士会议由院士投票方可产生。
1947年3月至5月，随着《国立中央研究院院士选举规程》(下称“规程”)的发布以及选举筹备会的成立，院士选举进入程序化操作阶段。院士候选人提名在全国展开。
正式提名结束后，选举筹备会于8月27日至10月13日连续召开四次会议，按照《规程》对各方提名进行严格的初审，结果在所提的510人中，删掉108人，将剩余的402人再提交给评议会。
1948年3月25日至28日召开的评议会第五次年会，经过分组审查、一次普选和四次补选，最终确定了81名中研院首届院士。而所有的候选人必须经过4/5投同意票才可当选，即25名评议员中需要得到20名评议员的票。
“从候选人资格确认，到最后的投票表决，这次选举自始至终都很好地执行了《规程》”，中科院自然科技史研究所副研究员郭金海在接受《中国新闻周刊》采访时认为，选举投票时各组之间相互尊重对方在讨论时的意见，要求当选五分之四的同意票，并要求共投五轮方能最终确定，这些做法在中国院士制度史上是最严格的。
王扬宗认为，中研院坚持了较好的学术体制，并且在选举中独立运作，“政府方面曾有一些干扰，但它能够坚决抵制，严格按照《规程》办事”，并且，评议会制度颇具权威，能够引导全国的学术方向，并且使得院士成为真正荣誉。
不过，在中研院的这次选举过程中，除去最具决定意义的学术贡献标准，候选人还要面对“爱国与否的标准”。众所周知的著名化学家萨本铁就曾因在日伪政府所在地大学任职而不被接受，另外还有一位是赵承嘏。“‘汉奸’一律不能入选院士，这是一条非常严格的规定”，郭金海告诉中国新闻周刊。
不管怎样，中研院此次选举奠定了中国院士制度的良好基础。郭金海认为，这次选举是现代中国学术界自主选举学术精英的一个典范，标志着中国的学术建制已逐步走向成熟。
当学术遇到权力
在中研院首届院士选举第二年，新中国成立，并于同年11月1日成立中国科学院。“中科院成立后即废除了中研院制度，并于1950年成立委员会制度”，郭金海告诉中国新闻周刊，委员会主要起到顾问作用。
新中国成立后，有关方面对中科院的运作机制也进行了积极探索。1953年，该院派钱三强为团长的代表团前往苏联学习，学到了对方的学部委员制度，同时，也注意到了院士制度。
代表团回国后，有人建议在中国推行院士制度，遭到时任中科院党组书记的张稼夫的反对，“其理由为担心院士权力过大”，王扬宗告诉《中国新闻周刊》，因为在大家心目中，院士的称号很神圣，要求很高。因此，各方意见达成一致转而退一步建立学部委员制度。
在得到中共中央和政务院批准后，学部于1954年6月开始筹备，1955年6月正式成立。与此同时，开始了学部委员的推选工作。学部委员的入选资格主要有三条：学术成就、在推动中国科学事业方面的贡献以及忠于人民的事业。学部委员的推选虽然都经过了科学家的提名推荐，但“最后由中央有关党政部门协商决定”。
接受《中国新闻周刊》采访的数位专家均认为，这样一来，中科院的院士制度从一开始就被纳入行政体制轨道，其独立的学术地位受到影响，这种问题后来被逐步渗透，直至目前一些地方政府一度试图利用院士制度作为谋利之阶。
随着中科院学部委员制度建立，一些问题也渐次暴露。首先是选举程序被简化甚至缺失。“第一次选举只是进行了一个摸底，也就是在同行中对候选人做了一些了解，投票也没有严格按照程序进行”，王扬宗说。其次是权威性被削弱。尤其是工程科学和技术领域，有很多人得票很少，同样获选。而“社会科学领域的学部委员完全由领导决定”。凡此种种，导致新中国院士制度从建立之初问题就比较多。
王扬宗撰文《
中国院士制度的建立及问题》指出，首批学部委员的人数是前中研院院士的3.6倍。这个数量上的急剧增长，并不代表七八年间中国科学技术水平的提高，而是出于当时国家发展科学技术事业的迫切需要，反映了新生的人民共和国对于科技事业的极大重视。学部委员制是为快速发展中国科学技术事业而采取的举措。
按照1955年6月28日的《中科院学部暂行组织规程》(1955年6月28日)，学部是分工进行学术领导的重要机构，然而有意味的是，学部和学部委员在学术方面的领导作用相当有限。
现已退休的前中科院院史研究室主任樊洪业撰文指出：“中科院学部虽然名义上是对院属各研究所实行对口的学术领导，但学部常委只是在头两年有些‘议事’，未久即形同虚设。各学部的办公室也迅速蜕变为院机关中的业务行政部门。”
王扬宗认为，在中科院的领导体制中，科学院党组、正副秘书长和学术秘书处(1956年7月撤销)、计划局等有关领导机构，具有更大权威，在许多具体环节，学部委员的学术领导权很难落实。“比如，华罗庚虽然担任数理学部副主任和数学所所长，但有时对所务和学术的领导权还不如一些党员；一些学部常委还不如学部秘书重要”。
由此，他认为，归根结蒂，就是当时中共和知识分子之间还存在隔阂，前者对后者不很信任。因此，学部委员的学术领导作用受到限制，以至于“文革”一开始，学部委员首当其冲被当做批判对象，学部委员制度遂告停止，并且一停就是十年。
