美国科学院院士选举完全是秘密进行的。由某个院士提名候选人，候选人的材料也是由提名人写的，候选人可能根本就不知道自己被提名了。与中国院士候选人厚厚的一大本材料不同，美国院士候选人的材料要求很简单，一份简单的履历和不超过250个单词的学术成就介绍，以及不超过12篇的论文目录。候选名单分别交给相应学科的院士初审(美国科学院共设31个学科分支)。各个学科的初审程序可能都不一样。初审结果交到高一级的学部(共有6个学部)委员会合并，根据各个学部的名额产生学部的候选人(人数为增选名额的150%)，由于名额限制被淘汰的候选人则在第二年自动成为被提名人。然后候选人名单送给全体院士投票(对投票有一定要求，比如每个学部至少要选多少人)。根据投票结果产生等额候选人名单，在每年4月底开院士大会时，对名单集体表决通过。然后再通知当选人，当选人同意了，才正式成为院士。
中国院士候选人名单是公开的，美国则是秘密的。公开有助于舆论监督，然而也容易出现其他问题。对美国院士选举来说，没有接受舆论监督的必要，因为他们有比较正常的学术环境，造假者能骗过同行院士的可能性几乎是不存在的。中国院士的选举自始至终是分学部进行的，而美国院士选举只是在提名阶段分科进行，正式的选举是全体院士投票。分学部选举的优点是选举人都是同行，对被候选人的学术成就都能有更专业的判断，缺点是选举结果容易被少数人操纵。
美国院士选举程序非常复杂而繁琐，选院士因此成了美国科学院的主要工作，这让著名物理学家、诺贝尔奖获得者费曼最终忍无可忍，愤而放弃院士，因为他看不出有何必要要隶属于一个把主要时间花在选举院士上的机构。搞这么一套繁琐费时的程序是为了尽量保证选举结果的公平。但是即便如此，美国院士选举结果有时也会引起争议，争议最大的是著名科普作家卡尔·萨根一直没能当上院士。萨根其实也是一个有很高的学术成就的天文学家，其成就获得同行的认可。在院士选举时，天文学分科的院士都投票给他，但是他给其他分科的院士的印象却不是一个正儿八经的科学家，不愿把票投给一个公众人物，所以他就一直选不上。作为弥补，美国科学院授予萨根“公共福利奖”，表彰他在科普方面的贡献。
但这毕竟是例外。总体上，美国院士的选举是公平的。两国院士的选举程序各有利弊，不正常的选举结果是由于其他因素造成的。美国院士仅仅是一个崇高的荣誉，并没有什么实质性的好处(唯一的特权大概是有在《美国科学院院刊》上发论文的便利)，当不上院士也没有利益损失，当上了还有放弃的。中国院士则不然，一旦成为院士，手上就掌握很大的学术权力和大量的学术资源，没当上时孜孜以求，当上了从未有人放弃过。“含金量”巨大，让中国院士成为了一块很多人不择手段想要攫取的肥肉，也让院士选举成为了各个部门相互争夺、利益分割的结果。只要这种情况不改变，再好的选举程序也会出现不正常的选举结果。 （作者为知名科普作家）
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